周伯通已经不再是童身，因此他自称没法学习王重阳最厉害的武功，而王重阳觉得周伯通太痴迷于武学，也不愿意再教。
所以周伯通被困桃花岛时，确实打不过黄药师，而且武功差黄药师很远，因为在此之前，周伯通曾经被欧阳锋三四十招打趴下，欧阳锋跟跟黄药师伯仲之间。
周伯通早期的一身武功全都是王重阳所教，他年轻时就认识王重阳了，那时候他跟王重阳是好朋友，还要跟王重阳结拜为兄弟，被王重阳拒绝。
王重阳年轻时弃文从武，拉起义军反抗金国，失败之后回到终南山活死人墓，自创了很多厉害武功，这些武功基本就是后来全真派的武功，包括他最厉害的先天功。
周伯通认识王重阳以后，被武功吸引，整天缠着王重阳教他武功，王重阳被他纠缠不过，也教了他不少武功，周伯通从此痴迷于练武。
后来，王重阳遇到林朝英，二人由于爱恨纠缠，在终南山打赌，王重阳赌输以后，把活死人墓让给林朝英，上山当了道士，开创了全真教，而且收了七个徒弟，号称全真七子。
周伯通也想拜王重阳为师，结果王重阳不愿意，就让周伯通当了师弟，周伯通也就成了全真七子的师叔。
从此周伯通就跟着王重阳在全真教学习武功，他早就跟王重阳学了不少武功，后来又学了全真派内功、剑法、拳掌等等武功。
由于周伯通天资聪颖，是个练武的材料，跟着王重阳学武功的时间又长，所以他的武功比马钰丘处机等全真七子强上不少。
早先，一部九阴真经横空出世，号称天下武学的总纲，江湖上不少英雄好汉为了争夺它，杀得是血流成溪，血肉横飞，王重阳不忍看着江湖人士继续相互斫杀，便要把这九阴真经抢到手。
为此，王重阳邀请了江湖上几个绝顶高手到华山论剑，参与过华山论剑的就是天下五绝东邪西毒南帝北丐中神通。本来铁掌水上飘裘千仞也被王重阳邀请，裘千仞自认为铁掌功还未练成，便没有参加。
第一次华山论剑，为的是争夺天下第一，然后这九阴真经便归天下第一所有。
东邪黄药师、西毒欧阳锋、南帝段智兴、北丐洪七公、中神通王重阳等五人，在华山绝顶比了七天七夜，其他四人武功伯仲之间，铢两相称，王重阳高上一筹，夺得天下第一，拿到九阴真经。
周伯通自从习武之后，对武功越来越痴迷，遇到什么新奇的武功都想学，他也知道九阴真经是很厉害的武功秘籍，王重阳把九阴真经拿回终南山以后，周伯通缠着要看看，想学里面的武功，被王重阳狠狠地训斥了一顿。
原来王重阳此时一心向道，不再追求武功，他也不喜欢周伯通和徒弟们把太多精力，用在练武功上，所以全真七子里武功最高的丘处机，最不被王重阳喜欢。
周伯通一看王重阳态度这么坚决，便不敢再打九阴真经的主意。而且从此之后，王重阳也不再教周伯通自己最厉害的武功，比如他的先天功。
王重阳说周伯通学武的天资很高，又是乐此而不疲，本可成为绝顶高手，可是一来周伯通过于着迷学武，二来少了一副救世济人的胸怀，所以周伯通就算毕生勤修苦练，终究达不到绝顶之境。
华山论剑的天下五绝，除了王重阳不想学九阴真经武功，其他几个都想要这九阴真经，其中只有欧阳锋是个极为狠毒之人，王重阳对他的蛤蟆功也很忌惮。
为了留下一个克制欧阳锋蛤蟆功的人，防止欧阳锋肆意为祸武林，王重阳在临死之前，带着周伯通来到南诏大理，王重阳以学习一阳指为借口，将自己的先天功传给了南帝段智兴。
王重阳和段智兴两个人，秘密互传绝学，自然不能让周伯通看到，所以这段时间，周伯通在大理皇宫里哪里都敢去，简直是闹翻了天，他甚至跑到了南帝的后宫之中。
周伯通外号老顽童，纯粹是孩子心性，不管什么江湖规矩，更别说皇家的禁忌了。
所以他就整天跟南帝的后宫妃子们混在一起，跟她们打闹，教她们武功。
南帝段智兴作为天下五绝之一，又是大理皇帝，他的后妃们对学武感兴趣的，自然早已经跟他学过一些粗浅功夫，其中有个刘贵妃，也就是后来的瑛姑，尤其对学武比较上心，竟然要跟南帝学习点穴功夫。
这点穴功夫，最厉害的地方是，别人把你点了穴，轻则让你动弹不得，重则把你点成残废，段智兴贵为大理国一国之君，怎么肯把点穴功夫传给刘贵妃？
万一刘贵妃心怀不轨，趁着侍寝时点了他这个皇帝的穴道，让他动弹不得，自己岂不是任人宰割，所以段智兴任凭刘贵妃软磨硬泡，也没有教给她。
周伯通可不管那么多，他到了后宫，就跟刘贵妃打了一架，刘贵妃自然不是周伯通对手，被周伯通点了穴道，刘贵妃一看周伯通疯疯癫癫，原来是个武林高手，便求着周伯通教点穴功夫。
周伯通毫不客气，就开始传授，这点穴功夫，对于刘贵妃这种小白来说，第一步就是认穴位，找准穴位，周伯通和刘贵妃自然互相在身躯上找来找去，摸来摸去，这下乖乖不得了弄出个天大的皇家丑闻。
由于南帝段智兴一直以来专心修炼他的一阳指，备战华山论剑，所以他大部分时间不近女色，就难免冷落了自己的三宫六院，刘贵妃年纪轻轻，就如同被打入冷宫守寡一般，内心的孤独寂寞可见一斑。
所以这十几天里，她跟周伯通整日厮混在一起，又有了肢体接触，不免春心萌动，竟然爱上了周伯通，周伯通也是血气方刚之人，把持不定，最终二人有了私情，甚至有了床笫之欢。
周伯通再见到师兄王重阳，自然啥都往外说，这件事很快被王重阳发现了。自己的师弟绿了大理皇帝，王重阳心下愧疚，觉得对不住朋友，就把周伯通绑了，交给南帝段智兴发落。
段智兴是皇帝，三宫六院，不在乎一个妃子，说要把刘贵妃送给周伯通，成全他们，周伯通竟然不肯接受，周伯通说自己对不住朋友，没听说过朋友妻不可欺这句话，做错了事，让南帝杀了他，南帝最终还是放了他。
因为这件事，南帝段智兴发现自己竟然深爱着刘贵妃，因此生了一场大病，后来又愧疚没有救治周伯通和刘贵妃的儿子，最终出家天龙寺，变成了后来的一灯大师。
周伯通跟着王重阳回到终南山以后，便老实了不少，从此不敢再谈男女感情，甚至他还劝郭靖不要娶黄蓉。
王重阳这时候已经垂垂老矣，自知时日不多，但是他死前还有一个更大的担忧，那就是西毒欧阳锋一直觊觎九阴真经，自己活着的时候，欧阳锋不敢来抢，自己一死，全真教剩下的人，包括周伯通，恐怕都不是欧阳锋的对手。
所以王重阳搞了一个假死，而且没告诉周伯通和全真七子，欧阳锋一听王重阳死了，果然来到重阳宫，要抢夺九阴真经。
跟欧阳锋一起来的，还有很多觊觎九阴真经的人，全真七子便去应对其他人，周伯通独自抵抗欧阳锋，结果，欧阳锋只用了三四十招，就把周伯通打趴下站不起来了。
欧阳锋便去王重阳的棺材那里，想找九阴真经，这时候，王重阳突然用掌力震碎棺材板，破棺而出，以一阳指攻击欧阳锋，点到了欧阳锋眉心，破了欧阳锋的蛤蟆功，欧阳锋从此吓破了胆，回到西域白驼山庄，苦练武功，二十几年不敢再到中原来。
周伯通这才知道，王重阳是假死的，他临死设下陷阱，引诱欧阳锋前来，想要除掉欧阳锋，无奈王重阳油尽灯枯，用尽全力，也只是点伤了欧阳锋，而没有杀死欧阳锋。
王重阳这次真的要死了，他临死留下遗训，不准周伯通和全真七子学习九阴真经上的武功。
王重阳死后，周伯通倒是很守规矩，果然没学九阴真经里的武功，只是这九阴真经诱惑那么大，江湖上眼热的人太多了，周伯通便和全真七子商议，把九阴真经藏起来。
于是周伯通带着九阴真经下半部，下了终南山，赶往浙江雁荡山，要将九阴真经下半部藏在雁荡山。
觊觎九阴真经的除了西毒欧阳锋，还有东邪黄药师，只不过西毒是硬抢，东邪是巧取。
这时候黄药师刚娶了一个如花似玉聪明绝顶的老婆阿蘅，阿蘅最厉害的就是她拥有超强的记忆，简直是过目不忘，黄药师骗周伯通把九阴真经下半部给阿蘅翻看，阿蘅看了两三遍就背下来了。
然后阿蘅故意激怒周伯通，骗周伯通说这不是九阴真经，而是江南普通的算命占卜之书，恐怕真书早已经被欧阳锋掉包了，周伯通一开始还不信，阿蘅就故意将经文倒背如流，表明这些东西她从小就知道。
周伯通相信了黄药师夫妇的话，心中愤怒已极，将九阴真经以掌力毁掉，然后说要找全真七子商量，到西域找欧阳锋，夺回真经。
周伯通走了以后，阿蘅就把她记下的经文默写出来，这九阴真经下半部，自然就跑到黄药师手里了，顺便黄药师还把周伯通的愤怒引到了欧阳锋那里。
谁知道过了几年，江湖上传闻黄药师的徒弟黑风双煞偷了九阴真经，练成了九阴白骨爪和摧心掌等阴毒武功，周伯通越来越觉得不对劲，他跟马钰丘处机等师侄一合计，知道上了黄老邪的当，便带着九阴真经上半部打上了桃花岛，跟黄药师讨回公道。
周伯通打上桃花岛的时候，桃花岛正发生了一件天大的事儿，黄药师的夫人死了，是生黄蓉时难产而死。
原来，黄药师在桃花岛收了六个徒弟曲灵风、陈玄风、梅超风、陆乘风、武眠风、冯默风，其中曲陈梅年龄较大，陈玄风和梅超风暗地里私定终身，他们怕黄药师知道了惩罚，便逃离桃花岛。
逃走之前，陈玄风害怕黄药师武功高强，将来追杀自己，便偷走了黄药师手里的半部九阴真经，以期学得里面的武功，就不怕黄药师了。
此时阿蘅正怀有身孕，他看丈夫着急，便拖着大肚子，硬要默写出她记下的九阴真经，结果几年前的一篇经文，早已经忘了很多，阿蘅心力交瘁也没默写出来，导致难产，生下黄蓉就死了。
周伯通到了桃花岛，就让黄药师评评理，交出九阴真经，结果黄药师矢口否认，还说自己的经书是老婆写的，不愿意给周伯通，况且，此时经书已经被盗走，他也拿不出来。
周伯通便大发脾气，跟黄药师吵闹了起来，黄药师不愿意跟周伯通纠缠，就带周伯通到了阿蘅的灵堂。
谁知道，别人死了妻子，周伯通不但没说句节哀顺变的安慰话，反而说死得好，恭喜别人死了妻子，惹怒了黄药师：
我念他新丧妻子，也不跟他计较，只笑了一笑，说道：‘你是习武之人，把夫妻之情瞧得这么重，也不怕人笑话？’他道：‘我这位夫人与众不同。’我道：‘你死了夫人，正好专心练功，若是换了我啊，那正是求之不得！老婆死得越早越好。恭喜，恭喜！’”
黄药师便发掌向周伯通打去，二人就打在了一起，据又偷偷摸回桃花岛的陈玄风和梅超风说，不但黄药师的武功高得出奇，连周伯通的武功他们也远远不如。
可是，此时周伯通还没练九阴真经，而且他跟刘贵妃相爱，破了童男之身，武功进境不大，自然不是黄药师的对手了。
当初他被欧阳锋三四十招打趴下，这次自然也是被黄药师三四十招打断了腿。
之后，黄药师为了从周伯通手里得到九阴真经，便把周伯通囚禁在了桃花岛，这一囚禁，就囚禁了十五年之久。
周伯通逃不出桃花岛，确实是因为他自知不是黄药师对手。
周伯通道：“当年我若不是失了童子之身，不能练师兄的几门厉害功夫，黄老邪又怎能囚禁我在这鬼岛之上？
也就是在这十五年里，周伯通的武功从不如黄药师欧阳锋，到超越了他们。
周伯通在桃花岛被囚禁，逃也逃不出去，甚为无聊，便把上半部九阴真经翻看得滚瓜烂熟，以至于他无意中学会了上半部九阴真经。
后来郭靖上了桃花岛，又带来了下半部，他教给郭靖的过程中，又学会了下半部，除了内功总纲，周伯通基本上算是学全了九阴真经。
而且，这十五年来，周伯通根据全真教武功，发明了七十二路空明拳，然后自己跟自己打架，又弄出个双手互搏，所以后来的周伯通武功已经超越四绝，成了这时的天下第一高手。
总结来说，被囚桃花岛以前，老顽童周伯通没有逃出桃花岛，是因为打不过黄药师，十五年后，他一想到依靠左右互搏和九阴真经，能打过黄药师了，便离开桃花岛了。
离开桃花岛以前，周伯通还给黄药师留下了一份大礼，搞得黄药师满身臭气，算是找回了自己被打断腿的场子。
第二次华山论剑后，恐怕武功天下第一不是周伯通就是逆练九阴真经的欧阳锋，一灯大师、黄药师、洪七公等绝顶高手，已经弱了他们半筹了。
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