惨遭变故，少年懵懂
周伯通是山东牟平人，父亲周进曾加入王重阳的义军，并资助了大批钱粮，王重阳以叔父待之。后王重阳抗金失败，自囚于活死人墓中，数年不出墓门一步，周进也曾前去规劝。
后来，林朝英用激将法，在活死人墓前大骂王重阳，终于逼得王重阳出来。一日，王重阳忽然想起周进曾经提起过，他的儿子周伯通生性爱武，希望王重阳可以教他，便去了牟平探望周进一家。
王重阳来到周家时尚是清晨，他发现周家大门紧闭，隐隐有血腥气传出，心道不妙，便径直破门而入。只见庭院之中尸横遍地，全家上下已无一个活口。王重阳悲愤之余，发现并没有符合周伯通年龄的男子，便凝神仔细寻找，终于在一片瓦砾之下，发现了还有呼吸的周伯通。
原来，周进家大业大，引起了附近昆嵛山一带流寇的注意，他们十几人趁夜潜入周家，在周家上下熟睡之际将他们全部杀死，再将财货席卷一空。当时，周伯通因去如厕逃过一劫，回来后发现父母和一众仆役都已惨死，吓得缩在一处墙角，大气也不敢出一口。
最终，这群流寇从房顶离去，一名流寇发现了躲在墙角的周伯通，他正要下去杀人灭口，却被寇首“铁腿刘”拦住。“铁腿刘”森然一笑，右脚用力一跺，已是梁倒屋塌，把周伯通埋在了下面。
却说王重阳见周伯通还有呼吸，急忙掀开瓦砾救了他出来，只见周伯通的头部被瓦砾砸中，四肢也有多处骨折。经过王重阳的内力疗伤，再加上大夫的医治，周伯通终于恢复了过来，但他却把当日发生的事忘得一干二净，智力也永远停留在了十三岁。
王重阳见周伯通嘻嘻哈哈，只顾玩耍，心想如果他能忘记那日的惨剧，也未必是件坏事，便谎称周伯通的父母已把他交给了自己，不练成绝世武功不能回家。周伯通听到还能练武，更是高兴得手舞足蹈，完全把回家之事抛到了九霄云外。
在周伯通休养期间，王重阳已经通过逼问守城的士兵，得知了残害周家的凶手就是昆嵛山一带的流寇，并一人闯入这伙流寇的巢穴，将他们杀了个干干净净。此时，王重阳见周伯通已无大碍，便带他回了终南山。
周伯通年纪虽小，但父亲早就跟他提起过王重阳的大名，他从小除了喜欢捉弄整蛊人，最爱的便是习武，因此对王重阳十分崇拜。一路上，周伯通都缠着王重阳传授武功，并要拜他为师。最后王重阳说，自己会教周伯通武功，但周伯通的父亲是他的叔父，因此自己不能收周伯通为徒，只能以师兄弟相称。
心无旁骛，精进武功
在武学方面，周伯通只是中上之资，和丘处机、马钰之流不相上下，这也是王重阳不传他艰深的“先天功”的真正原因。不过，周伯通有一项长处，就是心思单纯，不像其他人一般有诸多欲望，因此练起武来心无旁骛，最多只是玩耍一会儿，甚至他还会把练武当成一种游戏。正因为如此，周伯通的武学进境很快，他比丘处机等人进门早不了多久，武功却始终超出他们一大截。
周伯通有时也会想念父母，但想起自己还没练成绝世武功，也就断了回家的念头。周伯通二十岁时，王重阳出了一趟远门，回来时带来一坛骨灰，说是周伯通的父母天年已至，却没等到周伯通回家，便来到终南山，要亲眼看着周伯通成为绝世高手。周伯通智力停滞在十三岁，竟对此深信不疑。
第一次华山论剑后，王重阳带着周伯通前往大理，用“先天功”交换段皇爷的“一阳指”。王重阳和段皇爷以武论交，颇为相得，却不防周伯通和瑛贵妃也以武论交，切磋的还是肌肤相接的点穴功夫，导致时间一久，两人双双把持不住，有了苟且之事。
段皇爷知道后，毅然忍痛割爱，准备成全周伯通和瑛贵妃。但周伯通此时虽然年近不惑，骨子里却还是个少年，宁可接受惩罚，也不愿承担责任。最后此事不了了之，却导致了周伯通和段皇爷、瑛贵妃数十年的恩怨情仇。
周伯通跟王重阳回到终南山，不久后，王重阳自感大限已至，便诈死引得觊觎《九阴真经》的欧阳锋前来，用“一阳指”破去了他的“蛤蟆功”。为了引欧阳锋入彀，王重阳并未和周伯通、马钰等人交代自己的想法，因此当欧阳锋闯入重阳宫，周伯通等人都是义愤填膺。但马钰等全真七子，在欧阳锋手下走不过一招，只有周伯通和他打了数十招才败下阵来，可见周伯通的武功之高。
桃花岛上，神功大成
王重阳虽重创了欧阳锋，使其二十年不敢踏足中原，但他自己也耗尽了精气。临终前，王重阳将《九阴真经》上下册交给周伯通，吩咐他择地分开藏匿，但不可修炼上面的武功，周伯通含泪答应。
不久后，周伯通在去埋藏《九阴真经》下册的路上，遇到了东邪黄药师和他的妻子冯蘅。此时黄药师身中奇毒，药石难救，冯蘅便用自己过目不忘的能力，得到了真经下册，并使周伯通误认为手中真经是假，一怒之下将其毁去。然而，黄药师得到的是《九阴真经》下册，其中并无解毒疗伤之法。后来，还是黄药师靠着师门的传承，解了奇毒。
（此事磊落故人在“黄药师和梅超风的关系是什么，为什么有人说黄药师喜欢梅超风”中有详细描述，有兴趣的可以点击评论区链接阅读）
然而，周伯通也不是傻瓜，他很快就回过味来，来到桃花岛向黄药师讨要真经。只是周伯通来的不是时候，恰逢陈玄风和梅超风偷走真经下册，冯蘅以待产之身强记真经，大耗心神，生下黄蓉后香消玉殒。黄药师因此迁怒于曲灵风、陆乘风等四位弟子，将他们一一挑断脚筋，赶出了桃花岛。
周伯通少年心性，哪里管得了这么多，只是一味的向黄药师讨要真经下册。黄药师一怒之下打断了周伯通的双腿，将他丢弃在岛上一个山洞之中。周伯通自知武功不敌黄药师，但他为了完成师兄王重阳的遗愿，竟就此在桃花岛住下，一住就是十五年。
这十五年里，周伯通独自在山洞中修炼武功，希望有一日可以击败黄药师，取回真经下册。他智力停留在十三岁，始终保持着一颗孩童的纯真之心，对一切都充满了好奇，也能够在平常的事物中发现乐趣。在极端无聊时，周伯通竟发明出了左手和右手打架的游戏，并乐此不疲。后来经郭靖提醒，周伯通才想起这个游戏也能运用到武功上，这就是著名的“双手互搏”。
同时，十五年的独居生活，也使周伯通的心境变得无比通明，特别是黄药师不时会吹奏《碧海潮生曲》，以此引动他想起和瑛贵妃的情事，造成走火入魔。但周伯通都挺了过来，并使自己的定力日益增加。
全真一派的武功，越是练到深处越是厉害。周伯通在桃花岛十五年，每日勤练武功，感悟日深。再加上他虽然没有练《九阴真经》，但却日日念诵。这《九阴真经》本是黄裳从道藏中悟得，与全真的道家武功同属一脉，因此在不知不觉间，周伯通已经将真经中“以虚击实”的道理融会贯通，从而创出了天下至柔的“空明拳”。
创出“空明拳”后，再辅之以“双手互搏”，周伯通已经能和黄药师一较高下，只是他练成神功而不自觉。后来，郭靖来桃花岛求亲，周伯通从郭靖身上得到真经下册，又骗郭靖练了《九阴真经》全部的武功。而周伯通也在教郭靖的过程中，不练自成，武功已超出了黄药师、洪七公等四绝。
我行我素，游戏人生
周伯通既已把“九阴真经”教给了郭靖，心想再没有一处地点，比藏在一个人心中更为隐秘和安全。这样看来，自己已完美完成了师兄交办的任务，心头仿佛放下万钧大石，从此天大地大，任我玩耍，心中快意之极。于是，便有了后来的骑鲨遨游、万里追打裘千仞等精彩故事。
第二次华山论剑后，周伯通为躲避瑛姑，也就是以前的瑛贵妃，竟一路跑到蒙古大漠。在蒙古，他遇到一个和他玩得十分好的少年，开心之余，便传授了他一些武功。可惜的是，这个少年长大后变得稳重沉凝，不如少年时那么好玩，便离开了他。这个少年，就是后来的郭芙的丈夫，丐帮帮主耶律齐。
再后来，周伯通被金轮法王和赵志敬骗入蜘蛛洞，幸得小龙女的玉蜂解毒。在洞中，周伯通传授了小龙女“双手互搏”，使后者大杀四方，解除危机。而周伯通因为对玉蜂十分好奇，便偷了小龙女的玉蜂蜜，学习指挥玉蜂。不久后，周伯通还曾带玉蜂前往重阳宫，帮助杨过和小龙女脱困。
十几年后，在杨过和郭襄的帮助下，周伯通终于解开和一灯大师、瑛姑的心结，三人数十年的恩怨和气解决，共同隐居百花谷。
襄阳大战后，周伯通、郭靖、黄药师等人前往华山拜祭洪七公和欧阳锋。随后，众人以口评的方式展开第三次华山论剑，周伯通因武学修为最高，被评为“中顽童”，位居天下五绝之首。
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