首先，以真实实力而论，当时的周伯通是真的打不过黄药师，但是周伯通打不过可以跑啊，可是他跑都不跑不出桃花岛，结果被困在桃花岛一十五年，原因并非完全是武功问题，还有他不懂奇门遁甲和五行八卦。
要说周伯通，也算个武学歪才，一辈子痴心于武学，但是，王重阳说周伯通思虑不纯，心性顽劣，练不到武学最高境界。因此，王重阳没有把自己最厉害的先天功教给周伯通，这导致当时年龄比四大宗师还大好几岁的周伯通武功远远不如四大宗师。
当年，王重阳为了平息江湖上抢夺九阴真经带来的腥风血雨，参加了华山论剑，争得天下第一的名号，夺得九阴真经，本来这场因为武功秘籍掀起的百年争夺应该停止了，因为王重阳是天下第一，谁敢去找他抢九阴真经呢？
然而，觊觎九阴真经的人，都开始盼着王重阳死，比如西毒欧阳锋。王重阳知道欧阳锋是个厉害角色，不是好相与的，自己死后，欧阳锋势必来抢夺九阴真经，而周伯通和全真七子武功差欧阳锋太多，是保不住九阴真经的，如果九阴真经被西毒这个大恶人夺得，江湖上便永无宁日，王重阳就设计了一场假死，而且，还是瞒着周伯通和全真七子的，以防精明多端的欧阳锋看出破绽。
王重阳死讯传到江湖上，果然有很多人跑上终南山重阳宫来抢夺经书，包括西毒欧阳锋。这时候，伤心的周伯通立刻上前大战欧阳锋。
结果呢，才三四十招，周伯通就被欧阳锋打翻在地，周伯通被打的疼痛难忍，承认自己远不是欧阳锋的对手。还是假死的王重阳冲破棺材，突然用一阳指破了欧阳锋的蛤蟆功，才把欧阳锋吓跑了。当夜，王重阳就驾鹤西去了。
半年以后，周伯通拿着半部九阴真经去雁荡山藏起来，被黄药师夫妇盯上，黄药师可比欧阳锋聪明那么一点点，不费吹灰之力，使诈就夺得了半部九阴真经，气得周伯通把手里的半部经书毁了。周伯通后来想想，被黄药师两口子骗了，于是，找上桃花岛，要发泄一番，谁知道此时黄药师的家里发生了一桩大事，他妻子从周伯通那得到的半部经书被两个弟子陈玄风和梅超风偷走了，为了默写出来那半部经书，已经大肚子的黄药师妻子阿蘅心思使用过甚，难产而死，幸好生的婴儿黄蓉无事。
黄药师性子乖僻，最爱迁怒于人，经书被偷，妻子阿蘅难产而死，他正有气没处撒，逮着周伯通就是一顿爆锤。
周伯通三四十招被欧阳锋打败，黄药师武功跟欧阳锋伯仲之间，打周伯通也是几十招完事，理亏的黄老邪还无耻地打断了周伯通的双腿。
说实话，此时的周伯通武功确实不怎么滴，当然，至少面对四大宗师，还能抵挡几十招，比被四大宗师秒杀的全真七子强。从此，周伯通被黄药师囚禁在了桃花岛。
黄药师囚禁周伯通，目的是从周伯通那里得到九阴真经，然而，光靠打断腿就囚禁了周伯通，囚禁得了吗？你看，没过多久，周伯通腿就好了，那还不是撒腿就跑？
于是，黄药师在囚禁周伯通的桃花岛设置了奇门遁甲和五行八卦之术，周伯通打架打不过黄药师，又不懂奇门遁甲和五行八卦，根本逃不出桃花岛。更可恨的是，黄药师隔三差五还要给周伯通吹《碧海潮生曲》，吹得周伯通神魂颠倒，五迷三道，好几次差点把九阴真经交代给黄药师。
不过，周伯通在岛上也没闲着，天天跟自己打架玩，不知不觉根据九阴真经创造了空明拳，并想出左右互搏，他不知道，自己的武功已经要比黄药师厉害了。可是，他怕黄药师吹《碧海潮生曲》，而且也没能力逃出桃花岛。
直到郭靖上了桃花岛，带了九阴真经下半部来，他硬教郭靖背诵九阴真经，自己也不知不觉学会了下半部九阴真经武功，武功再次大进，然后突然醒悟黄老邪已经不是自己对手，终于敢闯出桃花岛了。
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