杨过跟小龙女隐居之后，生了一个儿子，专心传授儿子绝世武功，不想襄阳城破之时，杨过的儿子被一个大恶人打成重伤。
杨过为给儿子复仇，追杀大恶人玄冥子，却被大恶人和他的四个好兄弟围攻，杨过不敌，神雕亦被五个恶人打死，杨过重到独孤求败剑冢，钻研独孤求败剑法，数年后，悟出独孤九剑。
此时江湖传言，大宋丞相文天祥被擒到元大都，杨过带领江湖各路好汉齐聚元大都，杨过邀请张三丰一起去救文天祥，张三丰以武功还未大成为由拒绝。杨过和江湖正道人士，大战以玄冥子为首的江湖恶人。
双方两败俱伤，最后只有杨过和大恶人玄冥子活了下来，玄冥子到处躲藏，收了一个徒弟，就是百损道人，他们在江湖上兴风作浪，为非作歹，打死丐帮帮主耶律齐，将郭襄打得重伤不治，还灭了全真教，挑起丐帮和明教的争端，杨过与张三丰联手，将二人彻底铲除。
话说当年第三次华山论剑，众人祭拜了欧阳锋和洪七公，重新排定了天下五绝，即东邪黄药师，西狂杨过，南僧一灯大师，北侠郭靖，中顽童周伯通。
之后，众人遇到到来华山的觉远禅师和张君宝，师徒二人追踪九阳神功，追杀潇湘子和尹克西，在杨过的指点下，少年张君宝打败潇湘子与尹克西，却没有找到九阳神功。
杨过和小龙女便飘然下了华山，从此江湖上再也没有神雕大侠的踪迹，以至于郭靖和黄蓉的二女儿郭襄，找了三年都没有找到他们。
原来杨过和小龙女久别重逢，心中悲欣交集，到此时才真正平静下来，小龙女知道杨过一贯的脾性，并没急着回古墓，而是陪杨过重履他这十六年来的人生轨迹，到处游玩。
这一路上，杨过自然是每到一处，都是隐藏踪迹，江湖上那些朋友也不见。
杨龙二人耳鬓厮磨，日久天长，小龙女竟然不觉怀有身孕。
小龙女想到，纵然自己和杨过能在古墓中忍受孤独寂寞，这生下的孩儿，也不该与外界断绝，于是小龙女再也不提回古墓之事。
半年之后，杨过和小龙女的孩子呱呱坠地，是个男孩，杨过给这孩子取名杨万里，只为杨过想到这十六年来，他为了等待小龙女，来回奔波了几万里。
从此之后，杨过和小龙女便隐居于峨眉山，专心传授杨万里自己的绝学。
一晃十多年过去，杨万里已经长到十三岁，他传得杨龙二人的相貌，端的是清秀俊雅非凡，比之潘安宋玉，也不逊色。
更难能可贵的是，杨万里聪明异常，骨骼奇绝，更胜乃父，无论什么武功，他是一学即会，一练即精，令杨龙二人大喜过望，即便是老顽童的左右互搏之术，杨万里也运使得炉火纯青。。
这一日，杨过带着儿子杨万里，到山下嘉定府城采买食物，却见几十个丐帮弟子匆匆向城北奔去。
自数十年前，成吉思汗时，嘉定府就屡次被蒙古铁骑围攻，最近十余年，嘉定府以北，更是全部沦陷于蒙古铁蹄践踏之下。
丐帮弟子参与嘉定府守城，杨过早就知晓，还曾暗中相助，所以这帮丐帮弟子匆匆北去，杨过不以为意。
日上三竿，约到中午，杨万里嘴中只是喊饿，杨过便带儿子来到一处酒楼。
杨过点了一盘东坡豆腐，一只糖醋蒸鸡，切了二斤牛肉，酒保又筛了一坛子酒来，杨过刚喝了两碗酒，正跟儿子解说陆游称颂蜀中美食的诗：东门买彘骨，醯酱点橙薤。蒸鸡最知名，美不属鱼蟹。
却见一个老丐带着五六个小叫花子进了酒楼，几人老不客气，坐在了门口的一个桌子，先要八斤牛肉，四坛好酒，便狼吞虎咽起来。
三碗酒下肚，众丐立刻嘈嘈杂杂地你一言我一语，掺杂着四川的粗俗俚语，什么仙人铲铲，锤子，贱皮子，龟儿子的。
杨万里在峨眉山勤练武功，很少下山，倒是觉得新鲜，不再听杨过讲解诗词，反支棱起耳朵，听这几个丐帮弟子骂人。
杨过听他们说了有一盏茶的功夫，也听得七七八八。
原来这群乞丐来自成都府，本是赶来相助嘉定府守城的，却听说蒙古几十万大军围攻襄阳，襄阳城危在旦夕。
他们个个义愤填膺，正在此地等待川中各路丐帮弟子聚集嘉定府，之后大家一起出川帮助襄阳守城。
那个老丐身上背着七个布袋，在丐帮地位不低，只听他言道：“刘整这个龟儿子大汉奸，竟然投靠了蒙古，给蒙古鞑子训练了十万水军，这次襄阳城凶多吉少了。”
其中一个小丐插嘴道：“师公，襄阳城里有郭大侠和黄帮主她老人家，带着咱们大宋的兵马守城，咱们大伙跟着耶律帮主他老人家大干一场，不信赶不走蒙古鞑子。”
那老丐喝了一碗酒，叹了口气说道：“你瓜娃子晓得个锤子，这次就算郭大侠也无力回天啊。”
杨过听老丐提到郭靖黄蓉和耶律齐，想起过去几十年的往事，又想到当年郭靖对他说的一番话：“经书文章，我是一点也不懂，但想人生在世，便是做个贩夫走卒，只要有为国为民之心，那就是真好汉、真豪杰了。”
杨过又想到郭靖说的另外一番话：“诸葛亮治国安民的才略，我们粗人也懂不了。他曾说只知道‘鞠躬尽瘁，死而后已’，至于最后成功失败，他也看不透了。我与你郭伯母谈论襄阳守得住、守不住，谈到后来，也总只是‘鞠躬尽瘁，死而后已’这八个字。”
“鞠躬尽瘁，死而后已”，杨过在心中默念着这句话，却没看到那老丐却一直偷偷打量他。那老丐看到杨过的神情和装束，总觉得在哪里见过杨过，一时之间却又想不起来。
过了一会，杨过突然一拍桌子，沉吟道：“鞠躬尽瘁，死而后已”。吓了杨万里一跳。
杨万里又听杨过念叨：“侠之大者，为国为民。侠之大者，为国为民。”
那老丐忽然眼睛一亮，想起此人是谁了，那不是十几年前义守襄阳，杀死蒙古大汉蒙哥的神雕大侠吗？于是他端起一碗酒，向杨过的桌子走来，杨过也发觉了老丐。
杨过不想暴露身份，在桌上丢了半贯钱，拉起杨万里，走出酒楼，那老丐只觉眼前一花，杨过父子早已没了踪影。
杨过回到峨眉山后，立刻给史家五兄弟飞鸽传书，让他们速来峨眉山一趟。
十余日后，史家五兄弟已经到了峨眉山，老大是“白额山君”史伯威，老二叫“管见子”史仲猛，老三“青甲狮王”史叔刚，老四“大力神”史季强，老五“八手仙猿”史少捷。
杨过将自己的玄铁重剑交给史叔刚，要他们去一趟襄阳，将之送给郭家二小姐郭襄，并亲笔写了一封信，令他们转交郭靖黄蓉夫妇。
杨万里从小没闯荡过江湖，却吵闹着要跟着去，小龙女自然是不放心，杨过倒是颇觉得儿子像小时候的自己，史家五兄弟知道杨万里小小年纪，武功已高过自己兄弟几个，反而打包票一定保护小恩公的安全。
就此，史家五兄弟带着玄铁重剑和杨万里，半月之后，来到襄阳城中。
郭靖黄蓉听说杨过和小龙女在峨眉山，惊喜不已，又听说他们有了儿子，更是大喜过望，耶律齐郭芙夫妇，大小武夫妇，朱子柳等人，俱都欢喜异常。
郭靖早已经热泪盈眶，心中想的却是他的把兄弟杨康。之后，郭靖让郭破虏带着杨万里去休息片刻，安排客房晚宴。
此时大厅里只剩下史家五兄弟和郭靖黄蓉夫妇，史叔刚问到郭家二小姐郭襄，郭靖脸色立刻阴沉了下去，说这女儿太不像话，在江湖东走西窜，也不跟父母传个消息。
黄蓉看郭靖脸色难看，插口说郭襄在桃花岛服侍外公黄药师和师公柯镇恶。
于是史叔刚打开背后包袱，取出玄铁重剑和那封书信，并说明了来意。
郭靖和黄蓉拆开书信，才知道杨过送来玄铁重剑的深意。
原来杨过送来这口玄铁重剑，并不是真的要送给郭襄，而是让郭靖夫妇在襄阳城实在守不住时，以这把利器，杀出重围，保存性命。
杨过又说，蒙古大军围攻嘉定府，自己要暗中帮助嘉定府守城，便无法分身到襄阳相助。
此外就是劝说郭靖黄蓉，襄阳能守则守，不能守则退居桃花岛云云。
然而令杨过没想到的是，郭靖和黄蓉早已经下定与襄阳城共存亡的决心。
后来他们延请能工巧匠，将玄铁重剑熔铸，加以西方精金，打造了两把利刃，屠龙刀和倚天剑，并将九阴真经、降龙十八掌等绝世武功秘籍和岳飞的武穆遗书兵法藏于其中，以留下抗元的火种。
黄蓉把屠龙刀给了郭破虏，派人将倚天剑送到桃花岛，给了郭襄，送给郭襄的还有一只玄铁指环，郭襄才知道这十几年来，她寻遍大江南北的杨过和小龙女，隐居在峨眉山中。
数十日之后，蒙古大军对襄阳城发起最后的总攻，郭靖、黄蓉被五个武功极高的大恶人围攻，深陷万军之中，殉城襄阳。襄阳城里血流成河，一片狼藉。
这几个高手为首的是一个叫玄冥子的恶道，身怀玄冥神掌绝技，奇寒无比，黄蓉也命丧他手中。蒙古攻入襄阳以后，玄冥子等人又打死郭破虏，抢得屠龙宝刀。
杨万里和史家五兄弟想夺回屠龙刀，无奈杨万里年纪太小，只跟玄冥子过了十多招，就被玄冥子一掌打中胸口，匍匐在地，动弹不得，史家五兄弟也有三人命丧玄冥子手中，老三史叔刚和老四史季强拼死将杨万里救回。
幸亏杨万里从小修习古墓派奇寒内功，尚能抵挡玄冥神掌不致侵入心脉，饶是如此，也已是呼吸困难。
史叔刚和史季强面对玄冥神掌，无可奈何，只好快马加鞭，以六百里加急的速度，将杨万里送回了峨眉山，请杨过医治。
杨过小龙女以内功输入杨万里周身十八道大穴，驱散寒毒，总算保住了杨万里的性命。
几个月后，杨过见杨万里已无大碍，便带着神雕和史家两兄弟下了峨眉山，找玄冥子报仇。
杨过让史叔刚和史季强在江湖上传出话去，让江湖上的各路人马，追踪玄冥子等人的踪迹。
一个多月之后，烟波钓叟派自己的徒弟，给襄阳的杨过传话，说玄冥子等人藏在安徽九华山。
原来，玄冥子这帮人共有结义兄弟五人，他们自称五岳至尊。
老大玄冥子，无意中得高人传授玄冥神掌，学成之后，反而害死了自己的师父。
老二慕容野，是江南姑苏慕容的后人，学得家传的斗转星移和参合指。
老三李振坤，乃西夏皇族后人，偷学到西夏皇宫里的逍遥派神功，精通小无相功和白虹掌力。
老四金刚僧，乃火工头陀的徒孙，学得少林派的大力金刚指力功夫，出手极为毒辣。
老五欧阳龙，乃是欧阳克的私生子，从他母亲那里得到蛤蟆功的秘籍，苦练之下小有成就。
这五人从郭破虏手中夺得屠龙刀后，自工匠那里得知，屠龙刀中隐藏着一个江湖上的天大秘密，因此这几人躲到九华山参详屠龙刀的奥秘。
于是杨过带着史家兄弟来到九华山，为儿子杨万里报仇。
玄冥子等人早就听说过神雕大侠的威名，知道他的武功不下于大侠郭靖，他们合五人之力，才堪堪打败郭靖，将郭靖逼入蒙古万人队中，自然不敢小觑了杨过。
众人立即打作一团，玄冥子、慕容野、李振坤三人合力围攻杨过，却没想到杨过虽然只有一条臂膀，功力之深厚，掌力之刚猛，竟然不弱于郭靖的降龙十八掌，三人早已经被杨过的掌力逼得喘不过气，只能跟杨过游斗。
杨过却也没想到这几个人武功如此之强，个个堪比当年的铁掌水上飘裘千仞，杨过自忖，不用上十成功力，千招之内，拿不下这三人。
另一边欧阳龙却以蛤蟆功跟神雕比拼起掌力，只见欧阳龙趴在地上，一掌一掌拍出，神雕挥动翅膀，与之相抗。
金刚僧却一打二，大战史家兄弟，不到一百招，史季强就中了招，小腿胫骨被金刚僧一指捏碎，再也爬不起来，又过了十多招，史叔刚只感觉脑门一热，脑壳已被金刚僧以指力捏碎，接着金刚僧一掌将史季强毙了。
金刚僧杀死史家兄弟后，绕到神雕身后，以十成功力，用大金刚拳，打在神雕后背，此时神雕正全力与欧阳龙的蛤蟆功相抗，后背空虚，挨了这一掌后，终于扑倒在地。
那金刚僧好不恶毒，竟然以大力金刚指捏碎了神雕双足，使神雕站不起来，欧阳龙抓住机会，以十成功力的蛤蟆功，打在神雕头颅，一代神兽，就此殒命。
金刚僧和欧阳龙杀死神雕，只在电光火石之间，杨过虽然早已觑到，却被另三人纠缠，无法分身来救，看到神雕殒命，杨过眼中流下两行清泪，怒火喷发，黯然销魂掌突然使出，打了李振坤一个措手不及，李振坤身受重伤。
金刚僧和欧阳龙一看杨过一招将李振坤打伤，双双加入战团，夹攻杨过，杨过一打三尚能应付，一打四却有点力不从心，数百招以后，被慕容野以参合指点中左臂，招式便迟滞起来，玄冥子抓住机会，一掌又印在杨过的右肩，幸亏杨过右臂被郭芙斩掉了，受伤不轻。
杨过一看不是对手，想到妻子小龙女和儿子杨万里，便不敢枉自送命，他运起弹指神通，分别向四人各弹一下，逼开四人，抱起神雕身躯就走，由于古墓派轻功天下无双，四人倒也追赶不上，又忌惮他功力深厚，追了十多里，便不再追赶。
杨过回到独孤求败剑冢，将神雕埋在独孤求败剑冢之旁，后从峨眉山接到妻子和儿子，便隐居剑冢之谷，参悟独孤求败的武功和九阴真经武功。
历经十年，杨过以独孤剑法和天下武学总纲九阴真经，悟到了独孤求败无招胜有招的最高境界，练成了破尽天下武功的一套剑法，杨过给它取名独孤九剑。
之后杨过重出江湖，找玄冥子报仇，却听说蒙古已经打破南宋，还抓到了南宋丞相文天祥，已关押在元大都数年，无数江湖好汉前去营救，都被五岳至尊的玄冥子等人或杀或擒。
这时候，中原武林的绝顶高手已经几乎全部陨落，杨过自忖，凭自己一己之力，未必能杀得了五岳至尊，救出文天祥。
他便找到丐帮帮主耶律齐，以丐帮和神雕大侠的名义，撒下英雄帖，要江湖上的好手齐聚元大都，铲除五大恶人，救出文天祥。
杨过听说武当派张三丰武功不弱，在武当山隐居修炼，派人邀请他，张三丰却以武功未成，没有出山。
之后杨过带领群豪，杀到元大都，与玄冥子等为首的江湖恶人大战。
双方一场恶战，直杀得天昏地暗，血流成河，身首异处。
杨过武功大进，以一敌四尚且游刃有余，大战玄冥子、慕容野、李振坤、金刚僧，另一边，耶律齐以降龙十八掌大战欧阳龙的蛤蟆功，双方势均力敌，不分胜负。
然则元朝早有准备，原来这都是忽必烈的奸计，他派了一个万人队，埋伏在关押文天祥的地方，竟然将群豪包围在了大都城内，中原群豪全军覆没。
最后，杨过杀了慕容野、李振坤、金刚僧，耶律齐杀了欧阳龙，自己也深受重伤，只是让玄冥子带着屠龙刀给逃跑了。
杨过又在江湖上追踪玄冥子，却一直找不到他的踪迹。
多年之后，江湖上发生了几件大案，震惊整个江湖。
全真派被一老一小两个恶道突袭，最终灭派。
峨眉派开山祖师郭襄被两个恶道围攻，身受重伤而亡，倚天剑失踪。
丐帮帮主耶律齐被两个恶道杀死，两个恶道偷走明教的圣火令，嫁祸丐帮，挑起丐帮和明教的冲突。
杨过一听，便就明白，这个恶道就是当年的玄冥子，于是他再次追踪玄冥子，为神雕复仇。
这一日，杨过追踪玄冥子到了嵩山，却碰到另一个中年道士也在追踪玄冥子，原来是武当派开山祖师张三丰，杨过跟张三丰一番交谈，才知道他是华山上的少年张君宝。
杨过得知，张三丰是为郭襄复仇而来，又得知，玄冥子收了一个徒弟，叫百损道人，武功青出于蓝而胜于蓝，张三丰跟他对过一掌，二人不分胜负。
于是杨过和张三丰携手而行，一起追杀玄冥子师徒，终于将他们逼到华山绝顶，一番大战，杨过和张三丰联手铲除了这两个恶道。
然而，令他们意想不到的是，屠龙刀却不知去向。
数十年后，百损道人的传人玄冥二老出现在江湖，着实做了不少的恶。
杨过为神雕报仇之后，带着妻子小龙女和儿子杨万里回到古墓，为杨万里娶了位妻子，从此再不过问江湖之事，倚天屠龙记里的黄衫女子，就是杨过小龙女和杨万里的后人。
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